La Secretaría General de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos, es el órgano de apoyo que depende del Rectorado; encargada de dirigir y supervisar los procedimientos, gestión documental y archivos, tanto académicos como administrativos de la Universidad.
Es una dependencia que promueve el liderazgo e iniciativa individual de su personal, en un proceso de modernización permanente, para crear una institución flexible con un sistema de gestión eficaz y eficiente, buscando los estándares de alta competencia laboral.